«Французский посол уполномочивает майора Гинэ от имени всех союзников поблагодарить чехословаков за их действия. Они, союзники, в конце июня приняли решение об интервенции; чехословацкая армия и французская миссия должны составить авангард армии союзников. В ближайшее время будут даны указания об оккупации и организации как с политической точки зрения, так и с военной».
В этот же период времени капитан чехословацких войск Кедлет в беседе с американским полковником Эмерсоном заявил, что «операция являлась согласованной и что, по имеющимся инструкциям, в назначенное время все начальники эшелонов должны были захватить в свои руки города, в которых они находились».
В Новониколаевске 25 мая стояло три эшелона чехов. В двух из них размещалась пехота, в третьем — инженерная рота. Прибывший с челябинского совещаний Гайда немедленно отдал распоряжение о захвате города одновременно всеми тремя эшелонами, но осуществить этот план днем ему не удалось.
Местные советские власти, имея из центра инструкции не держать да станциях эшелоны группами, а размещать их поодиночке по всем станциям, отдали распоряжение прицепить без всякого предупреждения к двум эшелонам паровозы и отправить в направлении Мариинск — Красноярск. Несмотря на это, Гайда все же решил захватить город одним оставшимся эшелоном. На помощь ему пришли местные белогвардейские заправилы во главе с эсерами и меньшевиками. Они передали в его распоряжение местную офицерскую военную дружину и лично приняли участие в организации мятежа.
Единственной реальной вооруженной силой в Новониколаевске была коммунистическая рота мадьяр, расквартированная в лагере военнопленных за городом.
В 22 часа чехи двинулись в город и заняли здания советских учреждений. Небольшое вооруженное сопротивление было оказано лишь партийными работниками у здания исполкома. Поднятая по тревоге коммунистическая рота мадьяр с помощью запоздала. Численно превосходивший противник окружил ее, и после шестичасового боя сопротивление роты было сломлено.
Власть в городе перешла в руки эсеров и меньшевиков.
Сообщения о захвате Мариинска, Челябинска и Новониколаевска в административном центре Западной Сибири — Омске были получены почти одновременно. Город Омск оказался отрезанным по железной дороге с востока и с запада. Свободной от захватчиков пока оставалась северная железнодорожная магистраль, ведущая на Екатеринбург.
23 мая из центра в Омск пришла телеграмма: «пропускать все чехословацкие эшелоны на восток, но безусловно обезоруживать; со сдающими оружие обходиться по-братски, с наедающими— как с врагами трудового народа».
При выполнении этой директивы военные действия непосредственно под самым Омском начались 25 мая.
В этот день с запада к городу подходил чешский эшелон, навстречу которому на ст. Куломзино был отправлен отряд красногвардейцев. По требованию разоружиться чехи выдали 30 винтовок, но обыскать эшелон не допустили и, поставив на паровоз своего машиниста, задним ходом отошли к ст. Марьяновке, на 70 км к западу от Омска. Опасность для города быть захваченным чехословаками временно была ликвидирована. На экстренном партийном совещании было решено немедленно организовать рабочих для сопротивления. Несмотря на противодействие меньшевиков и эсеров, свыше тысячи рабочих железнодорожников охотно явились на призыв большевиков. Из Тюмени по железной дороге Екатеринбург — Омск прибыл отряд в 400 человек. Пленные мадьяры, боявшиеся, что чехи их поголовно уничтожат, предложили свои услуги и организовали отряд в 270 человек под командой коммуниста. В первых числах июня в распоряжении Омского Совета было уже около 3 000 бойцов, 168 пулеметов, 4 орудия и достаточное количество патронов. Чехословаки, в свою очередь, подтягивали свои силы с запада от Челябинска к ст. Марьяновке и с востока — к г. Каинску.
Под Марьяновкой при посредничестве французской миссии начались переговоры о мирном разрешении конфликта. Та и другая стороны умышленно затягивали переговоры и, пользуясь перемирием, лихорадочно готовились к предстоящему неизбежному бою.
Под Каинском военные действия начались раньше. Освободившиеся из-под Новониколаевска чехословацкие войска возвращались в эшелонах обратно к Омску, Около Каинска они встретились с красногвардейским отрядом, завязался упорный бой. Красногвардейцам удалось оттеснить противника от эшелона, загнать большую часть его в болото и уничтожить пулеметным огнем. Остатки чехов отступили к Новониколаевску. Одержанная победа создала некоторую надежду, что чехи не рискнут пока напасть на наши части под Марьяновкой.
Все же сложившаяся обстановка внушала много опасений. Тревога усилилась еще более, когда стало известно, что Петропавловский исполком чехословаками расстрелян, а в занятых чехами районах началась дикая, кровавая расправа над ни в чем неповинным населением. Так продолжалось до 6 июня.
В 12 часов 6 июня под Марьяновкой чехословаки колоннами повели наступление на позиции, занятые красногвардейцами. В течение всего дня красные бойцы мужественно отражали яростные атаки чехов с огромными для них потерями. Но в 21 час обнаружилось, что в глубоком тылу позиций красных появились обходные колонны противника. Резервов, свободных для парирования удара, не было, и красногвардейцы, оставив позиции, отошли к Омску.
В распоряжении красногвардейского штаба был отряд в 1 300 человек, действовавший в восточно-каинском направлении, но он после длительных, упорных боев потерял свою устойчивость, так что рассчитывать на него как на реальную силу не приходилось.